インボイス制度下における旅費については、通常必要と認められる部分の金額（所得税の非課税の範囲内）はインボイスが不要とされ、一定事項を記載した帳簿の保存のみで仕入税額控除を適用できます。
これを出張旅費等特例といい、旅費規定等であらかじめ決められた定額または実費で従業員等に支払われる場合に適用されます。
ただし、コーポレートカードなどで会社が直接旅行事業者等に支払う場合はインボイスが原則必要ですが、3万円未満の鉄道運賃等については公共交通機関特例によりインボイスが不要となります。
経費精算の事務負担を削減するため旅費規定等により定額支給する会社も多いと思われますが、定額支給とすると実勢価格よりも多く払いすぎてしまうなどのデメリットもあり、最近は実費支給にする会社も増えているようです。
2024年の通常国会に提出される旅費法改正案では、国家公務員が出張する際の宿泊費について、定額支給から実費支給に改めることが検討されています。
こちらは、昨今の円安進行によって海外の宿泊料金が高騰し、海外出張で法律で定める支給額と実勢価格がかけ離れ、差額を補うため個人の持ち出しが生じているといった問題に対応するためのようです。